碧雲寺位於小琉球本嶼大寮莊山頂，即上福村與大福村之間，恰當琉球嶼之中心，主奉觀世音菩薩，小琉球居民無論婚喪喜慶、求姻緣、問生病、求漁船滿載等等，必前來求籤請示，是鄉民最重要的精神信仰。
在清朝雍正年間（公元一七二三至公元一七三五年），有一位籍叫田深氏者，自打狗（為今高雄）遷移至本嶼杉板路居住（為今上福村田氏祖先），那時他在今碧雲寺前園宅內構建一座小茅舍從事牧羊。有一夜，他夢見南海普陀山觀音佛祖要他在此地建立廟寺，田氏驚醒，感念佛祖的靈顯，於是遍告島民，共同計劃將他的土地損獻出來建廟，就在乾隆元年（公元一七三六年）建立一座草廟名為「觀音亭」。並雕刻佛像，永為敬拜，據說鄉民求卜都很靈驗，因此香火鼎盛。
